Badan Pemeriksa Keuangan menyerahkan Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) atas Laporan Keuangan Kementerian Pertanian pada Jum’at, 10 Juni 2011 di Auditorium Gedung A, Kementerian Pertanian, Jakarta. Atas Laporan Keuangan Kementerian Pertanian, BPK memberikan opini Wajar Dengan Pengecualian (WDP).
Penyerahan Laporan Hasil Pemeriksaan dilakukan oleh Anggota IV BPK, Ali Masykur Musa didampingi Auditor Utama Keuangan Negara IV, Hadi Priyanto, kepada Menteri Pertanian Suswono, disaksikan oleh pejabat struktural di lingkungan AKN IV, Tim pemeriksa yang membidangi Kementerian Pertanian serta para pejabat eselon I dan II di lingkungan Kementerian Pertanian. BPK menilai laporan keuangan Kementerian Pertanian telah menyajikan secara wajar, posisi keuangan dan realisasi anggaran untuk tahun yang berakhir pada tanggal tersebut sesuai dengan Standar Akuntansi Pemerintahan (SAP) kecuali aset tetap yang belum seluruhnya dinilai kembali dan pengelolaan hibah diluar mekanisme DIPA APBN. Selain itu BPK juga mengungkapkan temuan mengenai kelemahan Sistem Pengendalian Intern (SPI) dan ketidakpatuhan entitas terhadap peraturan perundangan.
Terkait hal tersebut, Ali Masykur Musa mengatakan BPK memberikan rekomendasi perbaikan bagi Kementerian Pertanian antara lain meningkatkan pengawasan, pengendalian dan monitoring atas pengelolaan penerimaan dan pengeluaran anggaran serta pengelolaan aset tetap, mengoptimalkan koordinasi atas upaya inventarisasi dan penilaian aset tetap dengan Kementerian Keuangan, mengusulkan tarif royalti kekayaan intelektual pada PP tarif PNBP yang berlaku pada Kementerian Pertanian, menyempurnakan pedoman kerjasama dan pengembangan pertanian, pengelolaan Bansos tingkat kementerian dan pengelolaan Badan Layanan Umum, menatausahakan dan mempertanggungjawabkan setiap penerimaan hibah sesuai ketentuan yang berlaku dan meningkatkan pemantauan upaya persetifikatan tanah.
BPK juga berharap agar permasalahan yang menjadi pengecualian dalam opini BPK segera diselesaikan karena masih banyak pembenahan yang harus secara serius dilakukan jika Kementerian Pertanian ingin meningkatkan opini laporan keuangannya di tahun depan, selain itu BPK juga memandang Kementerian Pertanian perlu melakukan upaya-upaya terobosan yang secara signifikan dapat meningkatkan pemahaman atas laporan keuangan sebagai bentuk akuntabilitas keuangan negara.