Rabu, 26 Juni 2013. Badan Pemeriksa Keuangan RI menyerahkan Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) atas Laporan Keuangan Bagian Anggaran (BA) 999.03 pada Kementerian Pekerjaan Umum (Badan Pengatur Jalan Tol) dan Badan Penanggulangan Lumpur Sidoarjo (BPLS) Tahun 2012 di Kantor BPK RI, Jakarta.
Penyerahan laporan hasil pemeriksaan dilakukan oleh Anggota BPK RI, Ali Masykur Musa kepada Kepala BPLS, Sunarso dan Kepala BPJT, A. Gani Gazali disaksikan oleh Auditor Utama Keuangan Negara IV BPK RI, Saiful Anwar Nasution, beserta pejabat di lingkungan Auditorat Keuangan Negara IV BPK RI, BPLS dan BPJT.
Atas laporan keuangan BPLS Tahun 2012, BPK RI memberikan opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP). Dalam pemeriksaannya BPK RI juga menemukan beberapa kelemahan Sistem Pengendalian Intern (SPI) dan Kepatuhan terhadap Peraturan Perundang-undangan di lingkungan BPLS antara lain, peralatan dan mesin dititipkan tanpa didukung berita acara, pembayaran tunjangan kinerja bagi pejabat/pegawai Badan Pelaksana BPLS tidak ditentukan melalui prosedur yang baku, pembayaran atas belanja berupa pembayaran pekerjaan pengaliran lumpur dihitung berdasarkan alat ukur yang belum valid, serta rekanan belum dikenakan denda keterlambatan.
Selain melakukan pemeriksaan terhadap BPLS, BPK RI juga melakukan pemeriksaan terhadap laporan keuangan BPJT. Pemeriksaan ini merupakan pemeriksaan dukungan atas pemeriksaan Laporan Keuangan (LK) Bagian anggaran (BA) 999.03 yang disusun Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN), sehingga BPK RI tidak memberikan opini.
Terkait pemeriksaan yang dilakukan terhadap BPJT masih terdapat beberapa kelemahan SPI dan Kepatuhan Tehadap Peraturan Perundang-undangan antara lain Pengadaan tanah jalan tol pada ruas jalan Cikopo-Palimanan berpotensi boros, identifikasi dan inventarisasi bidang tanah yang terkena pembangunan jalan tol Surabaya-Mojokerto pada Desa Lebani Suko kabupaten Gresik belum akurat, dan penetapan ganti rugi tanah bagi pengusaha kena pajak belum memperhitungkan Pajak Pertambahan Nilai.